有马晴信捐赠给耶稣会的浦上，即使在禁教时期也继承了坚定的信仰。从幕府末期到明治初期连续发生了发现信徒、浦上第四次镇压基督徒等宗教史上的重要事件。
几经周折，到因撤销禁止基督教的禁教令而获得信仰自由仅是很短暂的时间，最大的悲剧在进入昭和年代后发生了……
过去是有马的领地，有马晴信捐赠给耶稣会的浦上成为根深蒂固信仰基督教的村落。长崎的六个町也同样属于耶稣会的领地，建造了很多教会，成为信仰的根据地。
其后，丰臣秀吉颁布了驱逐外国传教士的半天连追放令，并没收了长崎和浦上。传教士被驱逐出境，教会被破坏。1596年在京都被捕的26名传教士和日本信徒被送到长崎，在西坂之丘被钉死在十字架上。
在26人中还有一名年仅12岁的少年，名叫路易斯茨木。在被处刑前，有官吏想要帮助年幼的他，说服他说“快放弃信仰，你的命就得救了”。但路易斯茨木却拒绝了，因为一旦放弃了信仰就无法去天国了。不仅如此，还问“我的十字架是哪个？”，跑到为自己幼小的身材而准备好的十字架旁，说着“天国、耶稣、玛利亚”来表达自己的喜悦。他们在4000多名围观群众的守望中，被用枪刺入双肋殉教而死。
日本二十六圣人殉教纪念碑（长崎市西坂）但是，秀吉时代还没有对长崎的信徒们开始镇压。还保留有一些教会，信徒人数也在增加，在庆长的禁教令颁布之前，据说大约有三万基督徒。
禁教令之后，隐藏起来的传教士、信徒们接二连三被捕，有600多人在西坂之丘殉教而死。在全部村民几乎都是基督徒的浦上，为了警戒众人，村子的骨干一家被处死。
为了逃脱政府的镇压，并且在没有传教士的情况下也坚持信仰，浦上形成了由被叫做“账方”、“水方”、“闻役”为领导组成的信徒组织。信徒们装作跳盂兰盆舞，却奉上祷告，大约隐藏了250年。
大浦天主堂时代进入了幕府末期，日本与法国之间签订了日法修好通商条约，立刻有法国人来长崎居住。他们希望周日有可以做礼拜的教会，1864年建造了大浦天主堂。因为是为了法国人建造的教会，所以当时被叫做“法兰西寺”
1865年，大浦天主堂在献堂式的1个月后，迎来了历史性的瞬间。以杉本Yuri为首的15名浦上隐秘基督徒来到了天主堂。他们走到在堂内祷告的珀蒂让神父身边，小声说道“我的心和您一样”，也就是告白他们也信仰基督教。虽然严厉的禁教令和没有传教士的情况持续了250年，但信仰却被继承下来，这是第一次向外国人表明。珀蒂让神父非常吃惊，也极其高兴，把他们带到玛利亚像前。这座“发现信徒的玛利亚像”现在也被安置在大浦天主堂。
这件事在全世界天主教有关人士中传播开来，同时也传进了五岛、外海的隐秘基督徒的耳中。大家都装作去参观“法兰西寺”的样子而前往大浦天主堂，参加礼拜，接受洗礼。
发现信徒的浮雕（大浦天主堂）得到了大浦天主堂这个巨大精神支柱的浦上信徒们，于1867年向村长提交了今后的葬礼不是按照佛教的形式，而是按照基督教形式进行的备忘录。大为吃惊的村长报告给长崎地方官，时代已处于幕府末期的混乱时期，毫无忌惮地对基督徒进行迫害有可能会受到外国的批判，所以慎重的对当时的状况进行了调查。结果，68名信徒被逮捕受到了严刑拷打。这就是被称为浦上第四次镇压基督徒事件的开端。
其后，日本因明治维新转换了新政权，明治政府标榜自己是神道国家，扬言与江户幕府一样要延续对基督徒的镇压。政府揭发基督徒村落想要斩草除根。浦上有3000多信徒被流放，并遭受了严刑拷问。这种状况得到改变是在1873年。由于外国都嘲笑日本，说“不给国民信仰自由的国家是野蛮的”，竟成为签订平等条约时的障碍，政府才认识到问题的严重性，终于撤销了对基督教的禁教令。
1879年浦上建造了一个小教堂，其后进入大正时代，建成了砖筑的浦上天主堂。但是，1945年8月9日浦上却遭遇了史上最大的悲剧。在浦上天主堂的附近被扔下了原子弹。当时正是很多天主教信徒来到礼拜堂的时间，由于原子弹爆炸形成的热线造成全员死亡。促使日本开放给予民众信仰自由的国家，却在教会的上方投下了原子弹，令人心碎的悲剧。
大浦天主堂的彩色玻璃窗