袭击葡萄牙船事件

晴信利用出兵朝鲜时学到的筑城技术，花费了大约5年的时间来修筑原城。充分利用了三面环海的断崖上的有利地形，建成了异常坚固完美的原城。并且在进入江户时代后，除了南蛮贸易之外又开始了朱印船贸易，获得了更大的利益。晴信的儿子直纯与德川家康曾孙女的联姻也为有马的土地带来了安定和繁荣。

但是，1608年发生了一起事件。在澳门晴信的朱印船与葡萄牙船发生了争执，日本方面出现了大量的死伤人员。晴信得到了家康的同意进行报复，在长崎港外击沉了葡萄牙船，结果导致了与和南蛮贸易具有密切联系的耶稣会的关系发生了恶化。不仅如此，此次事件还发展成为摧毁晴信的重大事件。

指望收复领地的有马晴信

德川家康听说对葡萄牙船的报复成功赞赏了晴信。但是，幕府方面的监视人冈本大八却乘机怂恿晴信“把过去属于有马领地的土地要回来，作为这次的赏赐，由我来处理”一直盼望收复以前与龙造寺的战役等中失去领地的晴信觉得要抓住这个机会。大八向晴信索要了为处理这件事的资金，还交给晴信假的朱印状等，实施了一连串的渎职行为。

这件事传到了家康耳中，冈本大八被捕，并被处以火刑。晴信被追究策划恢复旧领地之罪，被流放到甲斐国，并被判处死刑。但基督教禁止自杀，所以晴信拒绝切腹自杀，在妻妾面前令家臣割下自己的头颈。一直到死都坚守了自己信仰的晴信于1612年结束了自己45岁的生涯。

被转封到日向的有马家

通过这次事件感到基督教很危险的家康颁布了庆长的禁教令。以前基督教的传教也被禁止过，但幕府不曾直接镇压过信徒。但这次禁教令不仅让武士连普通老百姓也要改变信仰，对拒绝改变信仰的人进行严厉处罚。

由于晴信的儿子有马直纯是家康的近侍，所以虽然父亲是死罪，但直纯被恩准继承家业和领地。在继承后，直纯立刻放弃自己的信仰转而镇压基督教。命令驱逐领地内的传教士，毁坏教会，还逼迫领地内的老百姓放弃信仰，但被叫做Confraria的信徒组织已深深扎根于各地，排斥基督教的活动没有取得想象中的进展。直纯担心这样下去会被幕府冠以莫须有的罪名，就彻底地镇压基督教，甚至连父亲和后母之间生的同父异母的兄弟也遭到杀害。但是，直纯渐渐地无法忍受对自己所作所为的良心谴责。厌倦了这一切的直纯向幕府提出更换领地，1614年被转封到日向延冈。当时，放弃武士身份不再追随直纯，回乡务农的家臣也不少。他们选择了不放弃信仰，留在岛原半岛之路。

被称为“恶魔”的领主

直纯转封后，有马领地成为天领（幕府直辖的领地），但在1616年松仓重政从奈良的大和五条来到日野江城，他就是其后被传教士们称为“恶魔”的人物。1618年，重政开始修建新的根据地岛原城，当时，日野江城和原城根据一国一城的命令已经废弃。大约经过了7年的时间修建完成的岛原城作为拥有4万石大名居住的城池是巨大而奢侈的，松仓重政为了表示对幕府的忠诚，还主动担任了改造江户城的工事负责人等。但松仓重政的这些举动却压迫财政，过重的租税负担让农民苦不堪言。岛原半岛笼罩着沉重而悲凉的气氛。

松仓家对基督教的镇压

1620年，在一艘朱印船上发现了2名试图潜入日本的传教士，使幕府更加深了对基督教的不信任感，开始了对基督教的大镇压。松仓重政也积极响应，在领地内开始了镇压基督教行动。但被德川家光训斥对基督教的镇压过于手软，重政的镇压变得越来越过激，对不肯放弃基督教的领地内百姓进行严刑拷打，割掉手指、烙上烙印等。在荷兰商行行长的笔记中记载有，重政对于基督徒、不缴纳赋税的农民，在云仙地狱使用热水进行刑讯拷打。

松仓重政按照幕府加强禁教的指令进行了镇压，1630年却突然暴毙于小浜温泉。由于死因不明，基督徒们相传这是上帝的惩罚。他的儿子松仓胜家继承了家业后也与父亲一样，更加不幸的是饥荒、天灾地变也袭击了岛原半岛。过去曾是有马家臣回乡务农的武士中出现了重返基督教的人，武装暴动的机会开始出现。