岛原之乱之后，参加了叛乱的天草的村落与岛原半岛一样荒废下去。天草的领主被更换，新的领主采取了召回离散的领地内居民、开发新田地、重建富冈城等举措。其后，天草成为幕府直辖的直辖地。
在重建的过程中，各地修建了寺院，开始实施领地内的居民一定要成为某个寺院的施主的寺请制度。在各个村落的集会所定期实施踩踏绘有圣母玛利亚或耶稣基督画像的检查，颁布了禁止基督教的法令等，开始对生活的方方面面进行严格管理。
当时幕府不仅在天草，还在全国范围内实施了同样的宗教统治。但即使在这样的环境下，也有秘密继承基督教信仰的地区。
伫立在羊角湾的崎津村落位于错综复杂的天草羊角湾畔的崎津村落就是其中之一。当地居民多以渔业为生，在江户时代，如果没有海路，连交通也极其不便的与世隔绝的土地。几乎不太有外地人往来的这个村落的基督徒们表面上装作佛教徒，却秘密实施洗礼，传承祈祷文。
有独自的信徒组织，村落的最高领导者是被叫做“水方”的长老，据说孩子出生时接受洗礼，而在佛教葬礼时会唱诵取消经文效果的诗。
崎津的隐秘基督徒将鲍鱼壳、一文钱、镜子等作为圣器信仰，同时还很重视建在山坡上的可以俯视村落的崎津趣访神社。留有记录说，隐秘的基督徒在参拜这座神社时，会唱诵“阿门，上帝！”。可以看出将自己的信仰与神社的形式完美磨合而共生的痕迹。
崎津趣访神社1805年，以崎津为首的今富、大江、高浜四个村落的隐秘基督徒作为“异佛教徒”被告发。有人向长崎奉行所（地方官吏）、江户幕府（中央政府）报告说，这些村落有在晚上集会，在神前进行奇怪参拜的习俗。结果有大约5千人被告发。
但是，他们不是作为基督徒，而是作为“异佛教徒”被告发的。相关的政府官吏虽然掌握了隐秘基督徒的事实，但却委婉的进行了报告。可以想见，并不想把事情闹大，只想息事宁人的态度。
被告发的人们被下达了不许出村的禁止出乡令，被没收了信仰的圣器。幕府（中央政府）、奉行所（地方官吏）也没有深度追究此事，隐秘基督徒一直持续到明治维新。
崎津村落进入明治时代，禁教令一被解除，在崎津趣访神社的旁边就建起了木造的教会。其后来到崎津的法国神父 哈鲁不（Halbou）买下了村落中心的村长集会所旧址。这处集会所以前是踩踏绘有圣母玛利亚或耶稣基督画像的地方。
1934年，在集会所的旧址上建起了现在的教堂。由铁川与助设计、施工。外观是哥特式建筑，但内部却是日式榻榻米，十分罕见。与西洋文化的完美结合在这儿也可见一斑。
在踩踏绘有圣母玛利亚或耶稣基督画像的地方现在设有祭坛。在长达250年的禁教时期，根据情况在形式上虽然有变化，但基督徒最根本的精神却被坚定地继承下来。
伫立在羊角湾的崎津教会