回乡务农武士们的汤岛会谈

歉收再加上松仓家的苛捐杂税，岛原半岛出现了很多饿死的人。据说老百姓们用于明年种田的稻种都被夺走。以前效劳于有马，后来舍弃武士地位而留在的岛原半岛的回乡务农的武士们，开始不断秘密协商必须想办法改变现在的惨状。

处于水深火热之中的不仅仅是岛原半岛的老百姓们。在关原之战中打败基督徒大名小西行长并取而代之的唐津领主寺泽广高统治下的天草百姓，也同样在繁重的赋税和禁止信仰的环境中备受折磨。并且在天草地区传教士留下的预言“发生天灾地变，人要灭亡时，会出现一位16岁的天使拯救相信基督教的人们”备受关注。以前作为小西行长家臣的基督徒流浪武士们在这个预言下团结在一起。

岛原半岛的回乡务农武士们，还有天草的基督徒流浪武士们在地处各自土地中间的海岛—汤岛上聚会，他们在那里商量图谋起义。

37,000人的暴动

在汤岛正在制定武装起义计划时，领地内老百姓们的愤怒却爆发了，起因于当时发生了一件非常残忍的事件。未能缴足赋税的口之津村长的妻子一名孕妇被代官（幕府直辖地的地方官）所杀害。她已经身怀六甲，但却被关在笼子中，丢进冬天寒冷的河水里，结果母子俩都丢掉了性命。

由此，岛原半岛和天草的百姓们纷纷起义，他们的总司令是一位年仅15、6岁的少年—天草四郎。大家相信，他正是流传于天草的传教士预言中的“天使”，基督徒们表明了自己的信仰，一同站起来对抗领主。

参加暴动的老百姓们围攻了岛原半岛松仓家的居城—岛原城，还有天草的富冈城，在从前曾是武士的领导下，民众被武装组织起来，超越了单纯的农民起义，发展成为真正的战斗。

在原城旧址坚守城池

最初起义民众势头强劲，但岛原城、富冈城却迟迟无法攻陷。于是，天草的起义民众渡海与岛原半岛的起义民众汇集在了一起。其数量大约有37，000人。他们不仅聚集了作为战斗力的男人，还包括了妇女儿童组成的大集团坚守在原城的旧址。他们都曾听说，过去击败龙造寺家时耶稣会的大炮，觉得只要等在这里葡萄牙船一定会来救援他们，起义的民众抱着这样的愿望团结在一起，开始了有组织的守城生活。

开始认为只不过是农民暴动的幕府，看到了事态发展的严重化，号召九州的诸位大名镇压这次起义。为此而集结到岛原半岛的军队最终超过了12万多人。幕府的军队包围了原城旧址，切断了粮食的供应，几次进行了攻城。但是由于无法充分地统领各个藩地的军队，再加上虽然废弃了但过去有马晴信建造的原城异常坚固，幕府军队的进攻没有取得理想的效果。起义民众在城内坚守了3个月。

幕府军队12万人的总进攻

由于被切断了粮食的供应，原城内几乎弹尽粮绝。起义的民众从原城的悬崖峭壁下到海边，捞取海藻来补充粮食。幕府方面的总指挥松平信纲检查了被杀死在城外的起义民众的尸体，发现肚子里只有海藻，相信城内已经断粮了，于是决定于1638年4月12日发起总进攻。但在前一天，想要抢功的各个大名却争先恐后地发起了零散的进攻。

12万多人的幕府军队袭击了弹尽粮绝的起义民众，原城在1天内就陷落了，以天草四郎为首的守城民众几乎全部丧命。被幕府军彻底破坏杀害。

近年来在原城遗址的考古发掘中，出土了刻有刀伤的人骨，遗体嘴角附近的纪念章，溶解铅弹后制作的十字架等。在原城遗址中出土的这些文物告诉现在的人们，当时战斗的壮烈，守城人们的信仰。

彻底地镇压及其锁国

从原城遗址中可以窥见当时幕府的反应“不要留下任何基督教的痕迹”。为了不能再使其发挥城的作用，几乎拆走了所有守望台城墙的石头。残留的建筑也被烧毁，用破坏了的石墙埋起来，进行了彻底地处置。

这场战乱岛原的藩主松仓胜家被追究责任贬为平民，其后斩首。当地居民全部被消灭的岛原半岛南部，又从全国聚集来了移民。1639年幕府禁止葡萄牙船进港，从此日本进入漫长的锁国时期。